赛尔号精灵的合成规则是许多玩家非常关心的方面，这种玩法能借助不同精灵的搭配，产生更厉害的新精灵，为游戏带来了许多趣味和难度。
主精灵是布布花，副精灵是小豆芽，融合剂选豆豆果实，通过分子转化仪融合，有可能得到绿色元神珠，孵出来就能获得克洛亚。布布花在游戏初期比较容易得到，小豆芽的捕捉也不算太难，这种融合方法很适合新手去试试，成功了能让玩家在游戏刚开始就拥有一只比较厉害的精灵，打普通BOSS时会方便很多。
接下来要说明的是，主要的精灵是伊优达，次要的精灵是幽浮，将甲烷燃气作为融合剂，能够生成蓝色的元神珠，这个珠子可以用来孵化塞拉兔。伊优达本身具备一定的战斗能力，与幽浮结合之后会变得更为强大，在能力属性方面会有显著的增强，在某些特殊的关卡里能够展现出意想不到的效果，从而协助玩家更加迅速地完成游戏。
主精灵是烈焰猩猩，副精灵是吉尔，融合剂选用了火焰元素，融合后得到红色元神珠，由此孵化出炎火猴。烈焰猩猩原本就是广受欢迎的精灵，与吉尔融合后的炎火猴，攻击力有显著增强，在战斗中能发挥强力作用，帮助玩家在PVP对战中获得有利地位。