《暗黑破坏神3》的故事主线是恶魔和人类的冲突，和上一部作品保持了一致，创造了一个既黑暗又奇幻的环境。在这个环境里，游戏人物会为了对抗不良势力，守护圣休亚瑞大洲而进行多次探索活动。
传说远古时期魔神迪亚波罗再度苏生。其神力十分惊人，把惊惧和绝望传遍大地各处。人间因此陷入大乱，往日热闹的城池沦为废墟，普通民众备受煎熬。后来众多有胆识的人挺身而出，这些人虽从事不同工作出身各异，却都怀有匡扶世道的决心。他们为寻到降服魔神的途径，踏上了艰苦的寻访之路。
英雄们起初抵达了崔斯特瑞姆，那里原本是个宁静的小镇，如今却沦陷于恶魔之手。他们搜寻期间，察觉到不少关于魔神的隐秘和踪迹。这些发现促使他们前往别处，以便搜寻对抗恶魔的要素。每次交锋都是生死攸关的较量，但英雄们从不畏惧，他们依靠坚韧的意志和卓越的本领，屡次战胜恶魔，慢慢逼近迪亚波罗的隐匿之所。
勇士们在无望原野与迪亚波罗进行了一场扣人心弦的交锋。此番鏖战十分惨烈，双方都倾尽全力。迪亚波罗施展了诸多强大法术，妄图将英雄们彻底消灭。然而勇士们彼此协作，充分施展了各自的特长。